El templo es de planta basilical con tres naves y tres capillas: la bautismal, construida a mediados del siglo XVIII y cubierta con bóveda de cañón; la sacramental, de principios del XIX, con cúpula semiesférica y decoración pictórica, y la de Jesús de Nazareno, que alberga la escultura del mismo nombre y otra de la Virgen del Mayor Dolor. La torre, del siglo XVIII, se sitúa en la cabecera y tiene cuatro campanas de bronce.
Entre los elementos más destacados de la iglesia figuran sus dos portadas. La principal, a los pies del templo y coronada por un frontón triangular partido, consta de un cuerpo de vano adintelado con dos grandes pilastras dóricas sobre zócalo de ladrillo y de otro con pilastras toscanas que enmarcan una hornacina con la imagen del santo titular. La segunda, en el segundo tramo de la nave del Evangelio, se compone de un vano de medio punto flanqueado por dos columnas toscanas y rematado con un frontón triangular y pináculos en los vértices. De igual modo, presentan especial interés las lápidas funerarias de la aristocracia que alberga la iglesia, todas ellas de los siglos XVI y XVII.
Junto con el edificio, el régimen de protección aprobado por el Consejo de Gobierno incluye diversos bienes muebles. Entre ellos sobresalen las esculturas de Jesús Nazareno y la Virgen del Mayor Dolor, ambas de estilo neobarroco, y las pinturas de La Verónica limpiando el rostro de Cristo a la Salida de Jerusalén (siglo XVII) y de la Virgen de la Soledad y San Rafael Arcángel (XIX), además de un cáliz bajorrenacentista (XVII) y otro de rocalla (XVIII).
El entorno de protección afectado por la inscripción del monumento en el Catálogo General del Patrimonio Histórico comprende las parcelas, inmuebles, elementos y espacios públicos de las plazas de San Juan y de la Cilla y de las calles San Juan, Federico García Lorca, Corazón de Jesús, Doctor Díez y Moreno y Avenida de la Constitución.
