El primer pacto de gobierno en romperse fue el acordado entre PSOE e IU en el Ayuntamiento de Rosal de la Frontera, que dio la Alcaldía al socialista Ramón Márquez que fue el más votado, sólo tuvo vigencia siete meses, ya que en el mes de enero de 2008 IU decidió finiquitar el acuerdo y, además, denunciar al equipo de gobierno del PSOE de presuntas irregularidades en un expediente, según los datos recogidos por Europa Press.
Tras esta ruptura, el PSOE comenzó conversaciones con el PA, que estaba en la oposición hasta el momento, y en unos días formalizó un pacto de gobierno que se mantiene hasta estos días.
Por otro lado, el PA decidió expulsar del partido a su único concejal en Minas de Riotinto, donde había un pacto con el PSOE. Finalmente, el PSOE continúa gobernando en la localidad tras mantener el acuerdo con este mismo edil, que ha pasado al grupo de no adscritos.
La tercera ruptura aparece ahora cuando los cuatro concejales del PA que formaban parte del equipo de Gobierno de Ayamonte han decidido apartarse del gobierno con el PSOE, después de dos años, pasándose a la oposición por recibir "agresiones a la dignidad personal, incumplimiento de los apoyos pactados y por la obstrucción constante a iniciativas andalucistas".
Además de las rupturas de pactos, el Ayuntamiento de Bollullos registró en junio de 2008 una moción de IU y PP contra el alcalde socialista Carlos Sánchez, que gobernaba desde las elecciones de 2007 en minoría y que, a su vez, también había intentado formalizar un pacto de gobierno con alguna de las dos formaciones en la oposición.
Finalmente, al margen de estos movimientos, siguen existiendo pactos de gobierno en Aljaraque, Beas, Berrocal, El Campillo, Cortegana, Encinasola, Lucena, Sanlúcar de Guadiana y Villablanca.
Por su parte, IU gobierna en solitario en Corteconcepción, mientras que el PA hace lo propio en Hinojales --después de que en el pasado mandato gobernase en coalición con el PSOE--, mientras que Nerva sigue siendo gobernada por los independientes de Giner, que desbancaron al PSOE de la Alcaldía.
Dos son los partidos independientes que gobiernan en la provincia, concretamente el partido Independientes por Beas (IXBEAS), que lo hace en coalición con el PP después de ser el partido más votado tras protagonizar al final del pasado mandato una moción de censura contra la alcaldesa socialista Rosa Beltrán.
También con el apoyo del PP gobiernan los Independientes por Lucena del Puerto; mientras que el Grupo Independiente de Sanlúcar de Guadiana y el Grupo Independiente de Huelva en Villablanca forman equipo de gobierno con el PSOE, partido del que es cada uno de los alcaldes, José Manuel Ponce y Manuel Ambrosio Carrasco, respectivamente.
El resto de los 61 ayuntamientos de la provincia están gobernados bajo mayorías absolutas, 48 de las cuales corresponden al PSOE, mientras que ocho son del PP, tres del PA una de IU y una de los Independientes de Higuera de la Sierra.
